Die Tragflächen, wie auch der Rest der Auslegung, dürften dem Umstand geschuldet sein, dass man von normalen Flughäfen aus und in normalen Lufträumen operieren möchte. In diesen Bereichen muss sich das Flugzeug dann in den normalen Verkehr einordnen können (Gleiteigenschaften, Steigleistung, Landegeschwindigkeit, etc.).
Außerdem wird die Auslegung aus einem Optimierungskalkül stammen: effiziente konventionelle Flugphase (für den größten Teil eines Fluges) oder effizienter Überschallaufstieg (dauert nur ein paar Minuten). Da fällt die Antwort auch einfach.
Dass die Aerodynamik nicht auf Überschall ausgelegt ist, sieht man auch am Rest, z.B. den konventionellen Triebwerksgondeln. Überschall kann man theoretisch mit allem erreichen, man benötigt nur genug Schub und muss die Zelle auf die Belastungen auslegen. Die Höhe spielt auch eine Rolle. Nur ist es eben nicht sonderlich effizient. Und beim Wiedereintritt würde ich mir auch keine Sorgen machen. Die Booster der Ariane 5 steigen nach der Trennung ähnlich weit auf (ca. 100km, Quelle Bernd Leitenberger) und kommen auch wieder rein/runter.
Die X-1 hatte auch eine reichlich konventionelle Auslegung.