Wir müssen das wohl noch etwas besser trennen/aufdröseln.
Ich erwarte nicht, dass die die EU-Agentur ein vergleichbarer Koloss wird, wie die ESA, also mit verschiedenen Kompetenzzentren wie ESTEC, ESRIN, ESAC ... ich erwarte eher eine "reine" Management-Agentur, die die großen Aufträge der EU-Raumfahrt managt: Sie bekomment von der EU eine Strategie und plant dann die Projekte und vergibt die Aufträge, um die Strategie zu erfüllen. Realisiert werden die Aufträge dann durch den jeweiligen Gewinner der Ausschreibungen.
Die ESA könnte mit ihren Kompetenzen und Ressourcen dann da vielleicht auch Empfänger sein (keine Ahnung, ob das politisch passt). Sie wird aber wohl einige Themen abgeben müssen, alles was "europäische (Anwendungs-)Raumfahrtinfrastruktur ist", also Galileo, Copernicus, Träger ... Dafür könnte sie sich auf Forschung und Exploration konzentrieren, mit eigenem ESA-Budget. Ich erwarte derzeit nicht, dass die EU in dem Feld mitspielen will.
Die nationalen Agenturen wird es sicher weiter geben, da es auch weiterhin, eigenständige Raumfahrtprogramme und -missionen in den Ländern gibt. Wir lösen ja auch nicht die anderen Behörden auf, nur weil die EU die Themen mitreguliert.