Zwischen ihren sechsten (STS-9) und ihren siebten Flug (STS-61C) wurde die Columbia von Januar 1984 bis Juli 1985 im Herstellerwerk der Firma Rockwell International in Palmdale, Kalifornien, einer grundlegenden Überprüfung und Modernisierung unterzogen. Hierbei erhielt die Columbia den sogenannten SILTS-Pod, dieser sollte bei ihrer nächsten Generalüberholung wieder abgebaut werden, wurde aus Kostengründen nicht durchgeführt.
Columbia war 2000 - 2001 zur Generalüberholung in Kalifornien, wo unter anderen auch das moderne Glascockpit installiert wurde. Die Columbia war nach der Atlantis der zweite Orbiter, der dieses Cockpit erhielt. Ihr erster Flug danach war 2002 die vorletzte Wartungsmission zum Hubble-Teleskop.
Columbia war über 3 Tonnen schwerer als die übrigen Raumfähren und damit für Flüge zur ISS ungeeignet. Tatsächlich ist die Columbia nie zur Mir oder der ISS geflogen. Da aber zum Zeitpunkt der Katastrophe noch auf Jahre hinaus nur drei Orbiter zur Verfügung standen (2003 war grade die Discovery in der Umrüstung, danach stand noch die Endeavour an), sollte auch die Columbia zur ISS Versorgung eingesetzt werden. Ihr nächster geplanter Flug im Herbst 2003 sollte sie zum ersten Mal zur ISS führen. Sie konnte zwar keine schweren Lasten zur ISS tragen, aber immer noch 6 t Versorgungsgüter befördern und einen Mannschaftswechsel durchführen.
Interessant ist in diesem Zusammenhang, das man bei der letzten Überholung nicht versucht hat, Gewicht zu sparen. Die Entfernung des SILTS-Pods hätte bestimmt ein paar 100 kg gebracht, Änderungen am Hitzeschild noch mehr Gewicht gespart. Columbia hatte immer mehr Kacheln als die übrigen Raumfähren, die verstärkt Hitzedecken an den weniger exponierten Stellen eingesetzt haben. Das hätte Gewicht und Wartungszeit gespart. Zwar hatte Columbia grundsätzlich eine etwas schwerere Zelle, die sich nur schwer hätte ändern lassen, aber durch Änderungen am Hitzeschild hätte man das Gewicht sicher um 1 t senken können und damit die Nutzlast um den gleichen Betrag steigern. Doch offenbar standen die Kosten in keiner Relation zum Nutzen, also hat man die Columbia vor allem für die Missionen, die nicht zur ISS gingen, eingesetzt. Sie sollte auch das Hubble Teleskop zurück zur Erde bringen.
Ohne die Katastrophe würden die Shuttles sicher noch fliegen. Alle Entwicklungen für einen Nachfolger wurden Anfang des neuen Jahrtausends eingestellt. Dann würde es auch keine private Raumfahrt geben, denn SpaceX hätte nie einen Vertrag zur Versorgung der ISS bekommen.
