Ja, das ist wirklich problematisch.
Die Hitzeschutzkacheln sind extrem porös, ihre Siliziumdioxid-Faserstruktur besteht zu über 90 % aus Hohlraum. Eine ungeschützte Kachel kann das Mehrfache ihres Eigengewichts an Wasser speichern, was schon das Startgewicht um mehrere Tonnen erhöhen würde.
Die Kacheln werden daher hydrophob beschichtet, um das Schlimmste zu verhindern. Das ist diese dünne, schwarze Glasur. SpaceX will ja auch bei Regen und Gewitter starten, wie wir gerade erfahren haben.
Die NASA musste beim Shuttle noch nach jedem Flug ein giftiges Imprägnierungsmittel in jede Kachel injizieren, um sie wasserabweisend zu machen, und was Eis im Isolierschaum des Tanks angerichtet hat, wissen wir alle.
Sollte trotzdem Wasser im Inneren der Kacheln (oder in den Filzen darunter) eingeschlossen werden, führt das nicht erst beim Wiedereintritt, sondern schon beim Erreichen des Orbits zu Problemen: Das Wasser gefriert schlagartig, was Kacheln sprengen kann. Beim Wiedereintritt erhitzen sie sich dann in Sekunden, das Eis verdampft explosionsartig. Auch das kann die Kachel sprengen oder von der Verankerung reißen.
Zudem kann der Dampf zwar theoretisch eine kühlende Schutzschicht bilden, destabilisiert aber auch die aerodynamische Grenzschicht bei Mach 25.
Es gibt aber eine Lösung: Sublimation im Vakuum. Und wieder ein Problem: die Geschwindigkeit und der Ort, an dem das Wasser festsitzt. Das Eis sublimiert zwar, aber bei den Extrem-Temperaturen sehr langsam. Es dauert Stunden bis Tage, bis Feuchtigkeit tief in der Kachel nach draußen diffundiert ist. Längere, reguläre Flüge mit mehreren Orbits reduzieren das Problem daher, und vielleicht sind einige der sichtbaren Probleme am Hitzeschild wie abgeplatzte Kachelteile daher schlicht eine Folge der sehr kurzen Zeit im All.*
Das unerwünschte Aufsaugen von Wasser ist laut Elon Musk übrigens nach wie vor eine der größten Baustellen des Hitzeschilds. Nicht zuletzt deshalb waren etliche Kacheln immer voller Sensoren.
* Ship40 war ja noch am Vortag des Starts ordentlich nassgeregnet.